疾風伝
少年篇から2年半の月日が流れたところから物語がスタートする。
自来也との修行を終え二年半ですっかり青年になったナルトは依然として大蛇丸率いる"暁"の存在を追っていた。
そんな中砂隠れの里の頭(=風影)となった我愛羅が暁によって捕らわれる。サスケを欠きながらも再びカカシ班としてナルトは我愛羅を奪還することに成功するが、万華鏡写輪眼の影響でカカシは重症を負い、暗部の"ヤマト"・根の"サイ"がカカシ・サスケの後任としてナルトとサクラの前に現れる。
一方、サスケは大蛇丸の元での修行で彼の力を超えたと確信し、水月・香燐・重吾を率いて正体を作り、大蛇丸を倒し兄・イタチへの復讐を果たす。
しかし、そこでサスケは自分の一族とイタチを追い詰めた真の敵は木ノ葉の里だと言うことを知る。
新たな復讐に向け動き出したサスケをに対し、ナルトは師である自来也がかつての弟子・ペインと小南との戦いで死んだ伝えられ更なる力を得るためにフカサクの元で修行に励む。
そんな中、ペインと小南は木ノ葉を襲撃し、それを聞いた仙人モードを手に入れたナルトはペインを打ち倒した。